Wśród zadań, jakie wyznaczyli sobie członkowie Prefektury, są między innymi: organizowanie akcji i przedsięwzięć o charakterze regionalnym, organizowanie wspólnych szkoleń dla funkcjonariuszy oraz inicjowanie zmian w uprawnieniach straży gminnych i miejskich.

Podczas spotkania, które odbyło się 8 czerwca 2016 roku w Kolbudach prefektem wybrany został Leszek Walczak, komendant Straży Miejskiej w Gdańsku. Jego zastępcami są: Roman Świrski, komendant Straży Miejskiej w Rumi i Krzysztof Lisakowski, komendant Straży Gminnej w Kościerzynie.

Udział w pracach Prefektury jest dobrowolny. Do grona jej członków może dołączyć w dowolnym momencie każda pomorska straż. Jednostki mogą też angażować się w pojedyncze przedsięwzięcia organizowane przez Prefekturę.

Na terenie całego województwa działa w tej chwili 36 straży gminnych i miejskich.